A suite de multimídia free-open-source da Xiph.org tem Vorbis como formato de som (absurdamente bom, mas pouco usado), Theora como formato de video (péssimo, obsoleto, de qualidade comparável ao MPEG-1) e OGG como container. Há tb o FLAC que é compressão de audio lossless.

Então, um arquivo de música .ogg é na verdade um envelope que contém só a trilha de audio. Vc poderia incluir vídeo no arquivo, ou a letra da música, e ainda chama-lo de OGG.

AVI, um container, foi inventado pela Microsoft, é muito popular, mas tem fama de ter overhead enorme. Li em algum lugar que o overhead de OGG é enorme tb.

Os melhores containers hoje em dia são:

- MP4: padrão ISO, suporta multiplas trilhas de audio, video, capítulos, legendas, e meta informações, mas só nos formatos MPEG-4 (AAC, MP3, MPEG-4 ASP/H.264, MPEG-4 ASP/Xvid/DivX, Timed text) e todo DVD player novo é capaz de desenvelopar seu conteúdo (o player ainda vai precisar saber interpretar o conteúdo, ter o codec). O suporte de criação de arquivos nesse formato em Linux é bomzinho, mas ainda meio instável. O pacote GPAC faz o trabalho. Uma das partes da especificação MPEG-4 tb diz respeito a animações como as de Flash, integrando com (atenção, vc vai gostar) SVG (lembra do Inkscape ?). E MP4 é o container para isso.

- Matroska: pouco popular, suporta tudo que o MP4 suporta, e pode envelopar qualquer conteúdo: AC3, MP3, FLAC, H.264, outros videos MPEG-4 como o Xvid, legendas em vários formatos, menus interativos como os de DVD, capítulos, etc). É free e gratuito, e seu suporte em Linux (atráves do pacote mkvtoolnix) é bem melhor que o MP4. Nenhum DVD player hoje consegue nativamente desenvelopar um MKV.

As operações que vc mostrou, recodificam o vídeo, e esse processo perde qualidade. Você pode simplesmente extrair as trilhas de mídia e reenvelopa-las sem perda (se o container suportar o tipo do codec), mais ou menos assim:

bash$ ffmpeg -i source.ogg -acodec copy -vcodec copy target.avi

Eu tenho preferido MP4 e MKV como containers, H.264 como video, e AAC ou MP3 como audio.

Eu faço backups dos meus DVDs nesses formatos, e se não quero usar a legenda do DVD (que em DVD é uma seqüencia de imagens, e não texto), baixo o SRT de opensubtitles.org e embarco no MKV ou MP4. Fica perfeito.

E sobre codecs, Xvid ainda é bom mas 1/2 ultrapassado. MPEG-4 AVC/H.264 é o melhor hoje em dia. E ffmpeg pode capturar e gerar video nesse formato.

O desafio aqui é comprimir tão ou mais rápido que o mundo real.

Como uso uma resolução de 1280×1024, tenho que fazer screencasts a 2fps, se não parece que se perderam mais de metade dos frames pelo caminho. Não se compara a nenhum programa do género para Windows, mas o que interessa é que está lá.